JMol

script download link

Table 1. Hydrogen bonds in Alpha helix and Beta sheets (5MN1)

#

 ATOM Bond length (A) Angle N-H-O (°)

Alpha helix
1 O([SER]167)-N([ALA]171) 3.01 146.8
2 N([cys]168) - O([ser]164) 2.93 162.1
3 N([ser]170)-O([ser]166) 2.96 157.9

Beta sheets
1 N([MET]104) - O([SER]54) 2.93 142.6
2 N([LEU]105) - O([ILE]89) 2.82 142.6
3 N([LEU]137) - O([VAL]200) 2.77 160.0

Выводы

В таблице приведены данные, по которым мы можем определить длину водородных связей вторичной структуры белка. Данные длины соответствуют стандартному диапазону 2.5-4.0 A. Угол N-H-O также не противоречит диапазону в 135-180 градусов.

Источники: RCSB база данных